Højer Station var med vandtårn, stor tjenestebolig, to ventesale (rygere/ikke-rygere) og et lille udskænkningssted. Ud for hovedbygningen var der omløbsspor, og mod øst var der læssespor, depotspor og et spor til pakhuset. Ved læssesporet var der ende- og siderampe samt folde til får og kreaturer.
Vandtårnet i Højer blev revet ned omkring 1935 og stationsbygningen i 1982.
