Ellidshøj Station havde en stor betydning under anlæg af banen fra Randers til Aalborg, da der blev hentet store mængder grus fra grusgravene omkring stationen fra to sidespor. Det sidste af Sidesporene fandtes indtil midten af 80'erne.

Ellidshøj Station havde Danmarks sidste håndbetjente bomanlæg, som først blev automatiseret i 1988 for helt i 1990 at blive erstattet af et automatisk helbommeanlæg. I dag er overkørslen ved stationen lukket og Mjels Brovej er flyttet til bro over banen sydvest for Ellidshøj Station.

Ellidshøj Station blev ikke genåbnet i forbindelse med åbning af Aalborg nærbane, men har alligevel en vigtig rolle i Aalborg Nærbane som den eneste togfølgestation på strækningen fra Skørping til Aalborg, hvor stationen er sikkerhedsmæssigt bemandet i dagtimerne på hverdage og lørdage.