Gjølstrup Station var placeret i pæn afstand nord øst for byen Gjølstrup, som stationen er opkaldt efter. Stationen var meget øde placeret og Gjølstrup by voksede ikke op omkring stationen, som var tilfældet ved mange andre stationsbyer.

Stationsbygningen var tegnet af Sylvius Knutzen og er af samme type som ved de fleste andre mellemstationer på Hjørring-Løkken-Aabybro banen. Ud mod perronen var to døre, en fra ventesalen, og en fra stationskontoret. Fra atriumgården var der kun en dør til stationsbestyrerens lejlighed. Sammenbygget med selve stationshuset var et åben venterum og en toiletbygning.

Stationen havde et ca. 235 meter krydsningsspor med jordperron ø, et ca. 93 meter langt læssespor og et større varehus i træ.