Ved Skagensbanens åbning den 24. juli 1890 var Napstjert et lille billetsalgssted, som i 1922 blev udvidet til en "rigtig" stationsbygning. Ved banens ombygning fra smalspor til normalspor i 1924 blev der anlagt et læssespor af hensyn til et nærliggende privat mergelselskab. Mergeltransporterne ophørte efter af et par år, og sidesporet blev fjernet i 1929.

I 1935 blev Napstjert nedrykket til trinbræt, men stationsbygningen blev brugt til ventesal frem til det blev solgt som privat bolig i 1968, hvorefter der blev opsat et simpelt venteskur på perronen. Trinbrættet blev lukket i januar 2005.

Efter massive borgerprotester blev det genåbnet i 2006 med ny perron og venterum.

Stationsbygningens røde mursten er senere blevet vandskuret og huset er malet hvidt. Det lille varehus fra 1908 er revet ned.